当本季开始时，Sarah从位于冰岛的藏身处返回家中追寻一个新克隆人。她和她的姐妹们必须团结起来调查真相。她们一步步探索解密克隆人阴谋中失落的一环环，与一个个潜在的敌人建立起危险的关系。为了保护克隆姐妹，Sarah面临巨大的压力，这使得她过去的一些坏习惯再次出现。克隆姐妹帮被新出现的威胁拉向不同的方向，Sarah也和其他人渐渐产生距离。她与那些人的关系是她变好的主要因素，如果失去了那些关系，她的命运不可想象……

流浪的孤儿Sarah（塔提阿娜·玛斯拉尼 Tatiana Maslany 饰）目睹一个女人自杀，因为与死者长的极为相似，遂决定假冒死者的身份领取一笔数目可观的存款。然而Sarah万万没有想到，自己竟然闯进了一个危险的谜局。在“扮演”死者的同时，Sarah发现了一个惊人的事实：她和自杀的女人其实都是克隆人，而且这批克隆人不止她们两个。不法组织为了达到不可告人的目的，创造了一批克隆的胚胎并将她们植入毫不知情的普通夫妻体内，让她们在不同的环境中出生、成长。没有人知道是谁创造了这些克隆人，也没有人知道他们的最终目的。这些克隆人必须尽快查明真相，否则一切都晚了，因为一个刺客正在将她们一个一个暗杀。

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《黑色孤儿》第二季将以Sarah不顾一切的寻找她失踪女儿Kira的故事开始。她以其焦土战术（军队撤退时摧毁一切敌军可利用之物）与支持克隆人的Rachel开战，使得所有克隆人都处于被分化和受到威胁的境地之中。一旦Sarah发现了更多关于她的过去的事，神秘的新角色也随之而来，他们值得信任么？

流浪的孤儿Sarah目睹一个女人自杀，因为与死者长的极为相似，遂决定假冒死者的身份领取一笔数目可观的存款。然而Sarah万万没有想到，自己竟然闯进了一个危险的谜局。在“扮演”死者的同时，Sarah发现了一个惊人的事实：她和自杀的女人其实都是克隆人，而且这批克隆人不止她们两个。不法组织为了达到不可告人的目的，创造了一批克隆的胚胎并将她们植入毫不知情的普通夫妻体内，让她们在不同的环境中出生、成长。没有人知道是谁创造了这些克隆人，也没有人知道他们的最终目的。这些克隆人必须尽快查明真相，否则一切都晚了，因为一个刺客正在将她们一个一个暗杀。